Γεννήθηκε στις 22 Δεκεμβρίου 1882 στο Διδυμότειχο. Πέρασε τα μαθητικά του χρόνια στην Κωνσταντινούπολη, όπου σε ηλικία 20 ετών αποφοίτησε από την γνωστή σε όλα τα Βαλκάνια αμερικανική Ροβέρτειο Σχολή. Στην Κωνσταντινούπολη εργάσθηκε σε μεγάλους εμπορικούς οίκους και ασχολήθηκε με την εισαγωγή ξυλείας στην Τουρκία.
Για την ενίσχυση των επιχειρηματικών του δραστηριοτήτων, ίδρυσε ναυπηγείο κατασκευής φορτηγίδων στον Κεράτιο κόλπο και μέχρι το 1922 θεωρούνταν ένας από τους αξιολογότερους οικονομικούς παράγοντες στην Κωνσταντινούπολη.
Μετά την Μικρασιατική καταστροφή εγκατέλειψε την Κωνσταντινούπολη και με έδρα τον Πειραιά ανέλαβε την γενική για την Ελλάδα και την Εγγύς Ανατολή πρακτόρευση της Swedish Orient Line. To Σκανδιναβικό Πρακτορείο Εγγύς Ανατολής A.E., το οποίο διαχειριζόταν τα συμφέροντά της, έγινε ο μεγαλύτερος πρακτοριακός οργανισμός σε ολόκληρη την Μεσόγειο.
Για την περαιτέρω ανάπτυξη αυτής της τακτικής γραμμής, επιδόθηκε στην εισαγωγή σκανδιναβικής ξυλείας στην Ελλάδα και εξελίχθηκε στον μεγαλύτερο εισαγωγέα ξυλείας στην Ελλάδα και στην Εγγύς Ανατολή. Στον Ευγενίδη οφείλεται και η ανάπτυξη της φινλανδικής θαλάσσιας γραμμής, αλλά και της πολωνικής με την Ελλάδα και την Εγγύς Ανατολή.
Με την πάροδο του χρόνου το Σκανδιναβικό Πρακτορείο εγκατέστησε πρακτορεία σε όλα τα λιμάνια της Ελλάδας, της Τουρκίας, της Αιγύπτου, της Συρίας, της Παλαιστίνης, της Ρουμανίας, της Βουλγαρίας και αργότερα στο Buenos Aires της Αργεντινής, στο Cape Town της Ν. Αφρικής και στην Βραζιλία.
Κατά τον Β’ Παγκόσμιο πόλεμο (1939-1945) μετέφερε τις δραστηριότητές του στη Ν. Αφρική συνδέοντας το Cape Town με το Buenos Aires με φορτηγά πλοία μεταφοράς κάρβουνου και επιβατηγά πλοία. Προβλέποντας την αύξηση του μεταναστευτικού ρεύματος από την Ελλάδα και την Ιταλία προς τη Β. Αμερική μετά τον πόλεμο, ίδρυσε την επιβατηγό εφοπλιστική εταιρεία Home Lines δρομολογώντας πλοία αρχικά προς τη Ν. Αμερική και την Αυστραλία και κατόπιν προς την Β. Αμερική.
Με το πέρας του πολέμου, εκτιμώντας ότι η κατεστραμμένη Ευρώπη θα είχε την ανάγκη εισαγωγής ειδών πρώτης ανάγκης, προέτρεψε την Swedish Orient Line να κτίσει πλοία-ψυγεία και για την μεταφορά ευπαθών φορτίων και παράλληλα εγκατέστησε όλες τις δραστηριότητές του στην Ελβετία, χώρα ουδέτερη και με ανεπτυγμένες υποδομές επικοινωνίας.
Μία από τις πολυάριθμες κοινωφελείς του ενέργειες υπήρξε η σπουδαία δωρεά (ύψους 1 δισεκατομμυρίου δραχμών) υπέρ των πληγέντων κατά τους καταστρεπτικούς σεισμούς τον Αύγουστο του 1953 στα νησιά του Ιονίου, και η αποστολή στη Ζάκυνθο ενός πλήρως εφοδιασμένου νοσοκομείου και λυόμενων οικημάτων.
Περί τα μέσα του 1953 ίδρυσε την νέα τακτική γραμμή Ελλάδος ‒ Ν. Αμερικής και διέθεσε το πρώτο επιβατηγό πλοίο με ελληνική σημαία για την εξυπηρέτηση της γραμμής Ελλάδας ‒ Β. Αμερικής, δημιουργώντας μια γέφυρα που θα συνέδεε την Ελλάδα με τη Νέα Υόρκη και τον απόδημο ελληνισμό της Αμερικής.
Πέθανε στις 22 Απριλίου 1954 στο Vevey της Ελβετίας και, μολονότι το έργο του δεν είχε ολοκληρωθεί, είχε ετοιμάσει τα σχέδια για την μελλοντική πραγμάτωσή του. Η τελευταία επιθυμία του, όπως αποτυπώθηκε στη διαθήκη του, ήταν η σύσταση ιδρύματος με σκοπό την συμβολή στην εκπαίδευση των νέων ελληνικής υπηκοότητας στο επιστημονικό και τεχνικό πεδίο, καθώς είχε διαπιστώσει ότι στην Ελλάδα υπήρχε έλλειψη πολλών και επαρκώς καταρτισμένων τεχνικών κατά τα πρότυπα της επαγγελματικής εκπαίδευσης άλλων ευρωπαϊκών χωρών.
Ο Ευγένιος Ευγενίδης υπήρξε διορατικός επιχειρηματίας, με εκπληκτική ικανότητα να μετασχηματίζει τις ιδέες του σε έργο, με όραμα που ακόμη παραμένει επίκαιρο, αλλά και μεγάλος πατριώτης. Αφιέρωσε την ζωή του στον δικό του αγώνα συμβάλλοντας στην οικονομική ανόρθωση της χώρας του και αφήνοντας «κτήμα ες αεί» το Ίδρυμα Ευγενίδου, διαχρονικό πυλώνα της τεχνικής εκπαίδευσης στην Ελλάδα.
Όπως ο ίδιος είχε πει: «Η περιουσία δεν είναι δι’ εμέ, παρά η σφραγίς της νίκης – και μόνον η νίκη μ’ ενδιαφέρει. […] Η χαρά μου έγκειται εις τον αγώνα, και τον καρπόν της νίκης τον επιφυλάσσω διά την πατρίδα μου.»
