Κατά τον Μεσαίωνα η Κέρος χρησιμοποιήθηκε ως ορμητήριο πειρατών ενώ στα νεότερα χρόνια και ως το 1952 αποτελούσε ιδιοκτησία της μονής της Παναγίας Χοζοβιώτισσας της Αμοργού και εν συνεχεία περιήλθε στη Γεωργική Υπηρεσία. Τμήματα της έκτασής της δημοπρατούνται ως κτηνοτροφικοί κλήροι σε τακτά χρονικά διαστήματα σε βοσκούς.
Σήμερα ανήκει στην Αμοργό και από το 1992 είναι κηρυγμένος αρχαιολογικός χώρος. Μαζί με το Κουφονήσι, την Ηρακλειά και τη Σχοινούσα λόγω της ποικιλία των μεσογειακών οικοσυστημάτων που τα χαρακτηρίζουν, τη σημασία που έχουν για τα μεταναστευτικά πουλιά και ενδημικά είδη καθώς και για τη πλούσια θαλάσσια ζωή έχει χαρακτηριστεί ως βιότοπος CORINE. Η Κέρος από το 1968 είναι ακατοίκητη.
Το National Geographic δημιούργησε ένα μοναδικό ντοκιμαντέρ για την Κέρο και για το «μυστήριο των σπασμένων ειδωλίων» στο νησί. «Πριν από 60 χρόνια, μία ομάδα αρχαιολόγων ξεκίνησε ένα ταξίδι εξερεύνησης στην καρδιά του Αιγαίου, με σκοπό να αποκαλύψει ένα μυστήριο 4.500 ετών», αναφέρει στην περιγραφή του βίντεο το κανάλι.
