Περιλαμβάνει μακέτες πλοίων, διάφορα ναυτικά όργανα και συσκευές, όπως διαστημόμετρα, βαρόμετρα, ανεμόμετρα, αβάκια πορειών, ταχυτήτων, δίσκους βολής τορπιλλών, επιλέμβιες μαγνητικές πυξίδες, μετεωρολογικά όργανα, εξάντες, ουρανόσφαιρα, όργανα πηδαλιουχίας αντιτορπιλλικού κ.ά.
Επίσης, πίνακες ζωγραφικής, προσωπογραφίες, αυθεντικές ιστορικές φωτογραφίες, όπως η φωτογραφία με την ύψωση της Σημαίας της Ένωσης της Κρήτης με την Ελλάδα, στο φρούριο “Φιρκά” Χανίων, την 1η Δεκεμβρίου 1913 κ.ά.
Tο Ναυτικό Μουσείο Κρήτης έχει και έναν άλλο χώρο στην άλλη άκρη του παλαιού Ενετικού λιμανιού στο Νεώριο Moro όπου στεγάζεται η Μόνιμη Έκθεση Αρχαίας και Παραδοσιακής Ναυπηγικής.
